Nella deliberazione del 29 giugno 1595 del pubblico parlamento brindisino, che riguarda l’edificazione della chiesa di S. Nicola di Bari, si legge che fu decisa anche la ricostruzione (letteralmente il documento parla di “risarcimento”) d'una cappella da dedicare a S. Maria Mater Misericordiae e dichiarata, come la chiesa madre, jus patronato dell'Università. L'iniziativa e lo sviluppo dell'opera si devono allo stesso sindaco Barbati.
La tradizione racconta che nel luogo dove fu eretta la cappella esisteva una precedente cappella dedicata a San Lino Papa. Durante la ricostruzione, infatti, furono scoperti affreschi raffiguranti santi e vescovi greci, che suggeriscono che la prima costruzione risalga al periodo della dominazione greco-bizantina nell'Italia meridionale. Il coroneo Leonardo Manes si impegnò per ingrandire e abbellire la cappella, facendo erigere un altare intarsiato e dorato (che ancora oggi si può ammirare all’interno della chiesa), installando un organo e innalzando il campanile, aggiungendovi una piccola campana. L'altare fu poi rimosso e sostituito con un altro altare di marmo, acquistato con donazioni dei nostri paesani residenti nelle Americhe. La parete posteriore dell’altare della Chiesa della Madonna reca, infatti, la seguente iscrizione: “brundusii cives regiones americae peragrantes (sic) hoc altare marmoreum deiparae virgini devoverunt – antonius sacerdos montulli- mdccclxxxxvii.”
Gerardo Basta, procuratore di S. Maria, nel 1787 fece fabbricare di nuovo il coro e la cupola del campanile e acquistò la campana maggiore che così dolcemente tocca e intenerisce il cuore. Egli morì nel 1794; la moglie Domenica d'Emilio e il figlio Salvatore, tra il 1796 e il 1813, fecero restaurare, ampliare e abbellire la cappella, costruire il portone e la prospettiva nel 1810 dal muratore Giovanni di Leo. Questi elementi, rimasti nascosti sotto l'intonaco della facciata per anni, sono ora nuovamente visibili. La cappella custodiva un'immagine della Madonna in un quadro realizzato dal valente artista Giovanni di Gregorio, detto il Pietrafesa, autore di altri bei dipinti, morto a Pignola nel 1656. L'immagine, raffigurante la Madonna mentre nutre il bambino Gesù con la sua materna grazia, si annerì negli anni a causa del fumo proveniente dalla vicina sacrestia. Già danneggiato dal tempo, il dipinto fu rubato nel 1976, sottraendolo al culto dei devoti brindisini.
